Quando un'oscurità malvagia circonda la terra di Hyrule, un giovane di nome Link deve tirare fuori l'eroe - e l'animale - che c'è in lui.
Link, un giovane uomo cresciuto in un piccolo villaggio rurale viene inviato dal sindaco ad assistere all'Hyrule Summit. Link, ignaro del destino oscuro del suo villaggio, si mette in viaggio. Quando entra nel regno Twilight che ha coperto Hyrule, si trasforma in lupo e viene catturato. Una misteriosa ragazza di nome Midna lo aiuta a liberarsi. Con l'aiuto dei suoi poteri magici, i due si mettono in marcia per liberare il regno dall'oscurità.
Link deve esplorare il vasto territorio di Hyrule e scoprire il mistero dietro l'improvviso fato del villaggio. Per farlo, dovrà contare sull'aiuto dei suoi amici, risolvere rompicapo e combattere in pericolosi dungeon. Nel regno Twilight, dovrà usare la sua capacità di tarsformarsi in lupo e i poteri magici di Midna per riportare la luce al suo villaggio.
Oltre alla fedele spada e allo scudo, Link userà arco e frecce, combatterà a cavallo e sfrutterà tantissimi altri oggetti vecchi e nuovi. I giocatori potranno usare il controller del Wii come una canna da pesca e l'unità Nunchuk per gli attacchi.